| क्र. सं. | नाम | पदनाम | अवधि | |
| से | तक | |||
| 1 | कमांडर ए. एन. मॉरिसन | अधीक्षण अभियंता | 26-08-1946 | 20-10-1946 |
| 2 | मेजर आर. जे. रैनी |
अधीक्षण अभियंता
|
21-10-1946 | 1948 |
| 3 | श्री फ्रैंकलिन | अधीक्षण अभियंता | 1948 | 1951 |
| 4 | श्री के. एफ. लिलाउवाला | अधीक्षण अभियंता | 1951 | Dec-59 |
| 5 | श्री एस. मिसकीथ | अधीक्षण अभियंता | Apr-59 | Jun-72 |
| 6 | श्री पी. टागोर (डीडी) | अधीक्षण अभियंता | 17/22-06-1973 | 10-08-1973 |
| 7 | श्री ए. टी. शरीफ | निदेशक | 11-08-1973 | 30-01-1974 |
| 8 |
श्री एस. के. भादुरी
|
निदेशक | 31-01-1974 | 13-03-1974 |
| 9 | श्री के. एम. जोसेफ | निदेशक | 14-03-1974 | 03-10-1976 |
| 10 | श्री एस. एन. द्विवेदी (निदेशक सीआईएफई) | निदेशक | 04-10-1976 | 26-08-1977 |
| 11 | श्री एम. स्वामिनाथ | निदेशक | 27-08-1977 | 02-04-1980 |
| 12 | श्री के. एम. जोसेफ | नि निदेशक | 03-04-1980 | 30-06-1984 |
| 13 |
श्री एस. के. भादुरी
|
निदेशक | 01-07-1984 | 28-02-1985 |
| 14 | श्री के. एम. जोसेफ (संयुक्त आयुक्त) | निदेशक | 01-03-1985 | 22-12-1985 |
| 15 | श्री टी. ई. शिवप्रकाशम (क्षेत्रीय निदेशक) | निदेशक | 23-13-1985 | 11-02-1987 |
| 16 | डॉ. डी. सुदर्शन (उप. महानिदेशक (मात्स्यिकी)) | निदेशक (प्रभारी) | 12-02-1987 | 19-10-1988 |
| 17 | डॉ. डी. सुदर्शन | महानिदेशक | 20-10-1988 | 31-12-1994 |
| 18 | श्री एस. डी. गोंजागा (उप. महानिदेशक (अभियंता)) | महानिदेशक (प्रभारी) | 01-01-1995 | 03-08-1995 |
| 19 | डॉ. वी. एस. सोमवंशी | महानिदेशक | 04-08-1995 | 31-05-2009 |
| 20 | श्री के. गोपालकृष्णन | महानिदेशक (तदर्थ) | 01-06-2009 | 30-06-2009 |
| 21 | श्री एम. के. आर. नायर (मत्स्यपालन विकास आयुक्त) | महानिदेशक का अतिरिक्त प्रभार | 01-07-2009 | 31-08-2009 |
| 22 | श्री प्रेमचंद (उप. महानिदेशक (मात्स्यिकी)) | महानिदेशक का अतिरिक्त प्रभार | 08-09-2009 | 08-10-2009 |
| 23 | डॉ. के. विजयकुमारन | महानिदेशक | 09-10-2009 | 08-10-2013 |
| 24 | श्री प्रेमचंद (उप. महानिदेशक (मात्स्यिकी)) | महानिदेशक (प्रभारी) | 23-10-2013 | 28-07-2016 |
| 25 | श्री प्रेमचंद | महानिदेशक | 29-07-2016 | 31-07-2016 |
| 26 | श्री महेश कुमार फरेजिया (निदेशक (इंजी.)) | म महानिदेशक (प्रभारी) | 01-08-2016 | 04-03-2018 |
| 27 | डॉ. एल. रामलिंगम (उप. महानिदेशक (मात्स्यिकी)) | महानिदेशक (प्रभारी) | 05-03-2018 | 31-03-2021 |
| 28 | डॉ. महेश कुमार फरेजिया (उप. महानिदेशक (अभियंता)) | महानिदेशक (प्रभारी) | 15-04-2021 | 14-07-2021 |
| 29 |
डॉ. आर. जयभास्करन
|
महानिदेशक | 15-07-2021 | 14-07-2024 |
| 30 | डॉ. महेश कुमार फरेजिया (उप. महानिदेशक (अभियंता)) | महानिदेशक (प्रभारी) | 15-07-2024 | 27-10-2024 |
| 31 | डॉ. श्रीनाथ के. आर. | महानिदेशक | 28-10-2024 | वर्तमान |
