भारतीय मात्स्यिकी सर्वेक्षण का मुख्यालय मुम्बई में तथा छह परिचालन बेस मुम्बई, मार्मुगोवा, कोच्चि,चेन्नई, विशाखपट्टणम एवं पोर्ट ब्लेयर में स्थित है । वर्तमान में पोरबन्दर बेस परिचालन में नहीं है । संगठन के संस्वीकृत कर्मचारियों की संख्या 708 है । संगठन का अध्यक्ष महानिदेशक है । आवश्यक सक्रिय कर्मचारी दल के साथ प्रत्येक बेस में एक या दो सर्वेक्षण पोत रखा है । प्रत्येक क्षेत्रीय कार्यालय का प्रमुख क्षेत्रीय निदेशक है,  जिसकी सहायता वैज्ञानिक, अभियांत्रिकी एवं प्रशासनिक कार्मिक करते है ।